La troisième saison dévoile une histoire des origines se déroulant des siècles plus tôt, tout en poursuivant la saga d'une société dystopique de 10 000 personnes vivant sous terre dans des circonstances mystérieuses. De nos jours, Juliette Nichols survit à son « nettoyage » forcé, mais revient amnésique alors que le silo se remet d'une rébellion et fait face à une nouvelle menace. Parallèlement, dans le passé, la journaliste Helen Drew et le député Daniel Keene découvrent un complot qui les entraîne dans une série d'événements aux conséquences catastrophiques et irréversibles.
