Les 22 épisodes de la Saison 3 de MacGyver
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S03E01 Sur le fil du rasoir
Voilà déjà trois mois que Mac a retrouvé son père et qu'il a démissionné de la Fondation Phoenix. Depuis, il s'est construit une vie au Nigéria. Mais lorsqu'il apprend que la vie de Jack est en danger, il revient à la Fondation pour le sauver.
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S03E02 Les héros de Dalton
Murdoc a exécuté Jill Morgan, une analyste de la Fondation Phénix, ce qui pousse Angus à réintégrer son ancien poste pour le traquer. Peu après les funérailles, Jack reçoit un signal de détresse de l'un de ses anciens coéquipiers de la Delta Force, Caleb Worthy: ce dernier est accusé de terrorisme dans un pays étranger. Avec l'aide de Mac, il rassemble son ancienne équipe et ils partent pour un sauvetage non autorisé.
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S03E03 Retour à la Fac
Plusieurs attentats terroristes sont commis avec un type d'explosif expérimental, appelé "bombe transparente", et ils sont commis par d'anciens étudiants d'une université, qui est également le point d'origine des ordres d'attentats. Mac et son équipe vont devoir se faire passer pour des étudiants et identifier le cerveau des attentats.
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S03E04 Rendez-vous manqués
Des rebelles géorgiens se sont emparés de la ville de Togo et l'ont coupé du reste du monde. Toutefois, l'hôpital municipal a besoin d'oxygène liquide pour donner l'assistance respiratoire à une douzaine d'enfants, et le camion a été abandonné sur le chemin menant à Togo. Mac et Riley doivent aller retrouver le camion et assurer le ravitaillement de l'hôpital.
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S03E05 Le Jour des morts
James MacGyver a réussi à capturer Luis Gomez, le patron de son ancien coéquipier; mais l'opération tourne mal et c'est à Angus et Jack d'aller le sauver. Pendant ce temps, Bozer et Riley surveillent un homme accusé de trahison.
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S03E06 Pour le meilleur et pour le pire
En rentrant chez lui, MacGyver se retrouve face à face avec Murdoc, qui lui demande de l'aide pour sauver son fils Cassian, enlevé par le Collectif. Pour être certain d'obtenir ce qu'il veut, l'assassin n'a pas hésité à piéger et à enlever Nasha, la compagne de Macgyver. Cependant, une fois arrivé à la planque où Cassian est censé être retenu prisonnier, ils ne trouvent que des cadavres. Il s'avère qu'un nouveau joueur a rejoint la partie : Amber, qui n'est autre que la femme de Murdoc.
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S03E07 Dragonfly
Le Sénateur de l'Ohio Todd Steckler informe Matty qu'un maître chanteur a réussi à mettre la main sur l'un de ses anciens ordinateurs et menace de divulguer des photos compromettantes sur sa liaison extraconjugale. Matty refuse de prime abord, mais se retrouve obligée d'accepter quand il lui révèle que ledit ordinateur contenait également un fichier hautement confidentiel, du nom de "Dragonfly", à l'insu du maître chanteur. MacGyver et son équipe sont envoyés au Ghana pour récupérer le fichier avant que son existence ne soit découverte.
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S03E08 Le retour du Fantôme
MacGyver est contacté par Aileen, une agent du MI-6 britannique, qui affirme avoir retrouvé le Fantôme, l'assassin du mentor de Mac. D'après elle, l'artificier aurait été capturé par l'Armée Russe en Tchéchénie. Mac, se sachant émotionnellement impliqué, demande l'aide de Charlie pour être sûr de garder la tête froide et lui et son équipe partent pour en finir définitivement avec le Fantôme.
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S03E09 Menace virale
Mac et son équipe sont appelé au QG du CDC à Atlanta, pour enquêter sur la perte d'un virus extrêmement létal, le Spécimen 234. Sauf qu'il ne s'agit pas d'une perte accidentelle, mais d'un vol hautement sophistiqué. Pendant ce temps, Riley part en vacances avec son petit ami de la Famille Colton, mais quelqu'un vole leur bagnole alors qu'ils s'arrêtent pour déjeuner.
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S03E10 Le mari de Matty
L’équipe de Mac est envoyée sur une mission personnelle pour Matty: en effet, elle a reçu la vidéo d'un trafiquant emprisonné du plus grand réseau de stupéfiants d'Asie du Sud-Est, la S-Company, qui menace de révéler que son mari, Ethan, est un agent de la CIA si le gouvernement américain ne le fait pas évader. Le problème, c'est que depuis deux ans, impossible de contacter Ethan, qui a été profondément infiltré dans le réseau dans le cadre de l'Opération Dragonfly...
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S03E11 La vengeance est un plat qui se mange froid
Sur la route de Las Vegas pour célébrer leurs 7 ans d'amitié, Mac et Jack sont kidnappés et se réveillent enchaînés dans un bunker. Pendant qu'ils cherchent à s'échapper, le reste de l'équipe est en infiltration pour récupérer des données gravées dans le diamant d'une princesse d'Orient…
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S03E12 Les cambrioleurs
L'équipe se fait passer pour une bande de braqueurs afin d'identifier un receleur à qui ils doivent remettre une bombe sale dérobée à un industriel russe. Charlotte Cole, cambrioleuse la nuit et mère de famille le jour, collabore en échange d'une immunité.
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S03E13 Les grands espaces
Au cours d'un stage de survie avec Riley et Bozer, Mac se fait kidnapper par un groupe armé ayant besoin d'un guide pour retrouver son butin en forêt. De leur côté, Jack et Matty doivent transporter Ethan Raines et sa famille dans un lieu sécurisé.
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S03E14 Le mariage
Un chef mafieux négocie avec Matty pour assister au mariage de sa fille en échange de quoi il témoignera contre son clan. Phoenix s'incruste donc à la cérémonie pour s'assurer que l'homme ne prendra pas la fuite, mais un groupe armé est également à ses trousses…
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S03E15 La nouvelle recrue
En mission à l'étranger pour traquer un terroriste, Jack demande à Desi Nguyen d'assurer la protection de Mac et du reste de l'équipe. Ces derniers sont chargés d'escorter, lors d'une saisie, un agent de l'ATF et son chien spécialisé dans la détection d'armes à feu.
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S03E16 À la recherche du Colonel Reese
Le corps d'un pilote est recherché après le crash de son appareil. Ce vol expérimental avait pour but de tester un nouveau système de cartographie laser créé par MacGyver… Riley tente d'identifier le pirate informatique qui a tenté de les piéger.
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S03E17 Mauvaise graine
Matty envoie son équipe au Groenland, dans la réserve mondiale de semences, où un technicien a été abattu et des graines de Corée du Nord volées. Mac et ses acolytes n'ont que 12 heures pour récupérer les semences et identifier le tueur avant que la Corée du Nord ne soit informée…
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S03E18 Les virtuoses
Lorsqu'un enquêteur du FBI est tué dans un bar, Mac et l'équipe découvrent avec stupeur que l'auteur du meurtre est l'ancien mentor de Murdoc, qu'ils croyaient pourtant mort : Nicholas Helman...
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S03E19 Petite soeur
Mac et Desi cherchent une solution pour sauver des migrants coincés dans un gouffre. Bozer est enfermé dans une voiture piégée par une bombe prête à exploser…
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S03E20 La chasse
Deux jeunes Américains sont portés disparus alors qu'ils relevaient un challenge à haut risque : réaliser les épreuves les plus dangereuses d'Amérique du Sud. Toute l'équipe se lance à leur recherche et découvre les défis successifs…
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S03E21 Trahison
Toute l'équipe est mobilisée suite à l'enlèvement de la femme et la fille d'Ethan, l'ex-mari de Matty. August Roth, auteur de ce kidnapping mais également ancien patron d'Ethan, demande en échange de leur libération la liste de tous les agents infiltrés...
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S03E22 Cruel dilemme
Opposé à un nouvel adversaire, Mac doit faire face à un choix impossible : sauver la vie d'un ami ou bien celle de centaines de personnes innocentes…



