Paul Atréides, maintenant Empereur de l'univers connu et leader messianique des Fremen, fait face aux conséquences de ses actions passées et à la réalisation de ses visions prophétiques. Son règne est contesté de toutes parts: par les maisons nobles de l'ancien empire, par la guilde spatiale, ainsi que par l'ordre religieux du Bene Gesserit et le Bene Tleilax, qui cherchent tous à réduire son pouvoir.
Toujours hanté par les visions d'un futur sombre pour lui-même et pour l'univers, il comprend qu'il ne peut pas échapper à son destin tragique…